Xcodeで画像ファイルの削除ができない？！

あるXcodeのプロジェクト内にある画像ファイル（なのでAssets.xcassetsにある）を削除しようとすると

The file xxx doesn’t exist.
と表示されて消しても消しても元に戻ってしまう、という不可解な現象が発生した。
プロジェクトを再loadしたり、Xcodeを再起動したり、Macを再起動したりdeprived dataのファイルを消したりしてもダメ、、、

Finderでその画像ファイルあたりを見るとContents.jsonってファイルがあってどうもXcodeはこれと整合性がとれないと嫌がるようなので、このjsonファイルを自分で修正したらXcodeの方もおとなしくなった。
でもまあ多分、ウチのXcodeがおかしいんだろうな、、、